深圳市目前生效的预警包括分区暴雨红色预警、分区暴雨橙色预警、分区暴雨黄色预警信号、雷电预警信号以及地质灾害气象风险预警。根据市政府规定及《深圳市台风暴雨高级别预警分时段学校防御指引（2025年修订版）》，全市采取分区预警，全市停课措施。6月16日下午，全市（不含深汕）中小学、幼儿园及培训机构停课，12点前所有学生留在教室内，12点后继续留在学校，学校妥善安排好午餐午休。
过去3小时，龙岗区（平湖、龙城、龙岗街道）、光明区（光明、新湖街道）和龙华区（观湖、福城、观澜街道）累计雨量已达大暴雨，预计未来2小时还将出现40-60毫米降水。深圳市气象台在这些区域发布暴雨红色预警信号，全市进入暴雨紧急防御状态，请迅速做好防御工作，远离低洼易涝等危险区域，注意防御暴雨及其引发的内涝、山洪、滑坡、泥石流、地面塌陷等灾害。
预计罗湖区、南山区、福田区、盐田区、大鹏新区、珠江口、深圳湾、大鹏湾、大亚湾、宝安区（西乡、新安街道）、龙岗区（布吉、坂田、南湾、吉华街道）、龙华区（龙华、民治街道）和坪山区（马峦、石井街道）2小时内将出现30-50毫米降水，深圳市气象台将分区暴雨黄色预警信号扩展至上述区域。这些地区存在山洪风险，请注意防御暴雨可能引发的局部内涝、山洪等灾害。
深圳市明确了“预警自动停课、分区预警全市停课、分时段预警停课应对”三项机制。具体如下：